Το Ναυτικό Μουσείο του Λιτοχώρου προβάλλει μια άγνωστη πτυχή της ορεινής κωμόπολης, τη ναυτιλία, που ήταν η κύρια σχεδόν απασχόληση των κατοίκων από το 17ο ως το 19ο αιώνα! Παρουσιάζονται φωτογραφίες, εκμαγεία και σχέδια παλιών ιστιοφόρων, καθώς και διάφορα τεκμήρια (ημερολόγια πλοίων, ναυλοσύμφωνα, ναυτικά φυλλάδια, φωτογραφίες ναυτικών, εξαρτήματα πλοίων και άλλα αντικείμενα) από ναυτικές οικογένειες, πλοία, και γενικά από την ιστορία της ναυτοσύνης του Λιτοχώρου. Σύμφωνα με την παράδοση, οι πρώτοι ναυτικοί ήρθαν από τη Ραιδεστό της Θράκης το 15ο αιώνα και στους επόμενους αιώνες της τουρκοκρατίας έφθασαν στο Λιτόχωρο ως ασφαλές καταφύγιο πολλοί καταδιωγμένοι ναυτικοί από όλο το Αιγαίο και τα Επτάνησα. Την εποχή της ακμής του, στις αρχές του 19ου αιώνα ο στόλος του Λιτοχώρου, τα λιτοχωρίτικα ιστιοφόρα, αριθμούσε 150 με 200 μικρά και μεγάλα σκάφη. Τα καράβια του Λιτοχώρου εκτελούσαν ως και τις πρώτες δεκαετίες του 20ού αιώνα τις θαλάσσιες μεταφορές της Θεσσαλονίκης και του Αγίου Όρους, ενώ καραβοκυραίοι χρηματοδότησαν την ανέγερση σχολείων και εκκλησιών της κωμόπολης.