Τα ερείπια της αρχαίας πόλης Πύδνα, το μοναδικό εξαγωγικό λιμάνι του μακεδονικού βασιλείου πριν από την ίδρυση της Θεσσαλονίκης, σώζονται ένα χιλιόμετρο νότια του Μακρύγιαλου.
Η πόλη έμεινε γνωστή στην Ιστορία από δύο σημαντικά γεγονότα. Πρώτο, στο χώρο της δολοφονήθηκαν η μητέρα του Μεγάλου Αλεξάνδρου Ολυμπιάδα και ο αδερφός του Φίλιππος Αρριδαίος. Δεύτερο και σπουδαιότερο, κοντά στην πόλη έγινε η περίφημη μάχη της Πύδνας τον Ιούνιο του 168 π.Χ. ανάμεσα στον Ρωμαίο Αιμίλιο Παύλο και το Μακεδόνα βασιλιά Περσέα, με την οποία καταλύθηκε το μακεδονικό κράτος.
Από την αρχαία πόλη σώζονται ελάχιστα τμήματα του τείχους, ενώ ανασκάφηκαν αρκετοί κιβωτιόσχημοι τάφοι με πλούσια ευρήματα που δίνουν τον πλούτο και την οικονομική δύναμή της Πύδνας κατά τον 5ο και 4ο π.Χ. αιώνα.
Η αρχαία Πύδνα παρήκμασε αλλά αναπτύχθηκε και πάλι στους χριστιανικούς χρόνους και μετονομάστηκε από τον 6ο αιώνα σε Κίτρος. Από τη χριστιανική περίοδο σώζονται τα ερείπια του επισκοπικού ναού της πόλης που έφερε το όνομα του Αγίου Αλεξάνδρου, ο οποίος βρήκε μαρτυρικό θάνατο τον 4ο μ.Χ. αιώνα στο Κίτρος. Τα ερείπια ανήκουν στη μεσοβυζαντινή φάση της εκκλησίας (11ος αιώνας), ενώ στον ίδιο χώρο υπήρχε παλιότερη εκκλησία του 6ου αιώνα. Σε όλη τη διάρκεια της βυζαντινής εποχής ήταν έδρα επισκοπής, ενώ το 10ο αιώνα προβιβάστηκε σε πρωτόθρονη επισκοπή της μητρόπολης Θεσσαλονίκης. Το 479 το Κίτρος παραχωρήθηκε από τον βυζαντινό αυτοκράτορα στους Γότθους για μόνιμη εγκατάσταση. Την ίδια χρονιά οι κάτοικοι της πόλης, αρνούμενοι να ζήσουν με τους επιδρομείς, εγκατέλειψαν το Κίτρος και εγκαταστάθηκαν 8 χλμ. νοτιότερα, στη θέση «Λουλουδιές», όπου έχτισαν νέο επισκοπικό συγκρότημα και οικισμό. Στο νέο χώρο μεταφέρθηκε και η λατρεία του Αγίου Αλεξάνδρου. Το Κίτρος καταλήφθηκε το 1204 από τους Φράγκους που πυρπολούν το κάστρο και το επισκοπείο, το 1345 από τους Σέρβους και το 1386 από τους Τούρκους.
Τον 16ο αιώνα, εξαιτίας των πειρατικών επιδρομών, οι κάτοικοι εγκαταλείπουν το ιστορικό Κίτρος και εγκαθίστανται στη θέση του σημερινού χωριού, το οποίο κατοικείται κυρίως από απογόνους των προσφύγων της μικρασιατικής καταστροφής.